كوهن هسته پرابلماتیک كانتي را در وحدت تاليفي اصيل اپرسپشن استعلايي مي جست. او ساختار واقعيت بطور كلي را به عنوان [امري] مندرج در پرسش مربوط به منشا ابژكتیويته ی ابژه هاي شناخت فيزيكي- رياضياتي میدید که تحت حکم منسجم تفكر محض قرار دارند. با وظيفه تبیین استعلايي- منطقي شناخت علمي از طبيعت که به اين نحو درك شده، فلسفه مي بايست مجموعه اصيلي از مسائل كه براي علوم دقيقه اساساً غيرقابل حصول اند را دنبال نماید. مرز بين معرفت نظري از سويی و رفتار اخلاقي-عملي و رفتار هنري- صورتدهنده سوژه از سويي دیگر، به طور متناظر تفسير جامعي از كانت را ايجاب مي نمايد كه كوهن در كارهايش «بنیاد اخلاق کانت» (1877) و«بنیاد زیبایی شناسی کانت» (1889) ارائه كرد.
در اين بنیانگذاری سه گانه استعلايي براي «جهان ابژه ها»، خود پرسش وحدت نظام مند تمام تاسيس استعلايي قرار دارد. در متن کتاب او «اصول روش بینهایت خُرد و تاریخ آن» (1883)، كوهن براي كار آينده اش بحث نخستين و تعیین کننده ايده نظام را مي پردازد. [اين اثر] در عنوان فرعي به منزله «فصلي در بنیانگذاری براي نقد معرفت» توصيف شده است. تغيير عبارت «نقد عقل» به «نقد معرفت» يكي از اعتقادات اصلي كوهن را بيان مي كند که بعدها بر تلاش هاي خود وي در ساخت يك نظام حكمفرما گشت: معرفت علم است يا بطور دقيق تر علم طبيعي- رياضياتي است. بر اين اساس ايده اليسم انتقادي پيش از هر زماني «علمي» مي گردد بواسطه اخذ «امر واقع[Τatsache] علم» كه قرار است ابژه تبیین/ابتنای استعلايي شود: «تنها در علم چيزها بطور داده شده و به نحو محسوس براي پرسش هاي فلسفي در دست[Vorhanden] اند.» «آگاهي شناسا… تنها در امر واقع [Τatsache] معرفت علمي واجد آن واقعيتي است كه يك تحقيق فلسفي مي تواند بدان رجوع كند». به منزله نتيجه اين پيوند تنگاتنگ فلسفه استعلايي با امر واقع [Faktum] علمي، اين امر رخ داد كه ابژه هاي اخلاقي و زيباشناختي نيز به عنوان امری بطور علمی شناخنه شده [معلوم علمي] مسئله گرديد. در واقع كوهن علم الحقوق را به عنوان علم منتسب براي اخلاق فرض مي كند، درحالیکه در زيبايي شناسي مستقيماً به سوي آثار هنر معطوف است و نه چنانکه ايده سيستم اقتضاي آن دارد به سمت علم آثار. نظامندي مفاهيم اصلي منطق، اخلاق و زيباشناسي كه بدين نحو مورد نظر قرار گرفته اند، در سيستم سه بخشي كوهن مورد پرداخت قرار می گیرند («منطق معرفت محض»،1902؛«اخلاق اراده محض»،1904؛ «زیبایی شناسی احساس محض»، 1912). در حین آنکه تا اینجا كوهن مساله فلسفي دين را در مساله فلسفي اخلاق منحل ساخته بود، در نوشته اش «مفهوم مذهب در نظام فلسفه» (1915) ، وي در جستجوي تعيين معناي يكتايي از پديدار دين بود.
گرچه كوهن هرگز يك كار بزرگ در تاريخ فلسفه منتشر نكرد بجز كارهايش از تفسير كانت، با اين وجود از ابتدا كار نظام مند وي از راه درگيري مداوم با پيش سقراطی ها، افلاطون، نيکولاس كاسانوس، دكارت و لایبنيز تغذيه و هدايت مي گشت.
Cohen looked for the center of the Kantian problematic in the original synthetic unity of transcendental apperception. He saw the problem of the constitution of reality in general as contained in the question concerning the origin of the objectivity of the objects of mathematico-physical knowledge in the coherent execution of pure thinking. With the task of a transcendental-logical grounding of the scientific knowledge of nature understood in this way, philosophy should maintain an original complex of problems that is fundamentally inaccessible to the exact sciences. The boundary between theoretical knowledge on the one hand, and the moral-practical and artistic-formative conduct of the subject on the other, presses for a correspondingly far-reaching interpretation of Kant, which Cohen presented in his works Kants Begründung der Ethik (1877) and Kants Begründung der Ästhetik (1889).
Within this threefold, transcendental laying of the ground for the “world of objects” lies the question of the systematic unity of the entire transcendental grounding itself. In his text Das Prinzip der Infinitesimalmethode und seine Geschichte (1883), Cohen developed the first and, for his future work, decisive discussion of the idea of system. In the subtitle, it is described as “A Chapter on the laying of the Ground for the Critique of Knowledge.” The change of the expression “Critique of Reason” to “Critique of Knowledge” expresses one of Cohen’s principle convictions, which later dominated his own attempts at constructing a system: knowledge is science, or more precisely, mathematical natural science. Accordingly, critical Idealism becomes “scientific” first and foremost by taking “the fact [Tatsache] of science” to be the object of the transcendental grounding. “In science alone are things given and palpably at hand [vorhanden] for philosophical questions.” “The knowing consciousness . . . only has in the fact [Tatsache] of scientific knowledge that reality to which a philosophical investigation can refer.” As a consequence of this narrow fastening together of transcendental philosophy with the scientific fact [Faktum], it also came to pass that ethical and aesthetic objects as scientifically known became a problem. In fact, Cohen postulated jurisprudence [Rechtswissenschaft] as the alleged science for ethics, while in aesthetics he was oriented directly toward the works of art and not, as the idea of system would have it, toward the science of the works. The systematic of the basic concepts of logic, ethics, and aesthetics, oriented in such a manner, gets worked out in Cohen’s three-part system (Logik der reinen Erkenntnis, 1902; Ethik des reinen Wollens, 1904; Ästhetik des reinen Gefühls, 1912). While so far Cohen had dissolved the philosophical problem of religion into that of ethics, in his text Der Begriff der Religion im System der Philosophie (1915) he sought to determine the unique meaning of the phenomenon of religion.
Although Cohen never published a great work in the history of philosophy other than his works of Kant interpretation, nonetheless from the beginning his systematic work was nourished and guided through constant engagement with the Pre-Socratics, Plato and Nicholas Cusanus, Descartes and Leibniz.
Cohen suchte das Zentrum der Kantischen Problematik in der ursprünglichen, synthetischen Einheit der transzendentalen Apperzeption. Das Problem der Konstitution der Wirklichkeit überhaupt sah er in der Frage nach dem Ursprung der Gegenständlichkeit des Gegenstandes der mathematisch-physikalischen Erkenntnis aus dem Vollzugszusammenhang des reinen Denkens. Mit der so verstandenen Aufgabe einer transzendental-logischen Begründung der wissenschaftlichen Naturerkenntnis sollte die Philosophie einen eigenständigen, den positive Wissenschaften grundsätzlich unzugänglichen Problemkreis erhalten. Die Abgrenzung der theoretischen Erkenntnis gegen die sittlich-praktischen und künstlerisch-gestaltenden Verhaltungen des Subjekts drängte zu einer entsprechend weitgreifenden Interpretation Kants, die Cohen in seinen Werken „Kants Begründung der Ethik” (1877) und „Kants Begründung der Ästhetik” (1889) vorlegte.
In dieser dreifachen transzendentalen Grundlegung der „Gegenstandswelten” lag die Frage nach der systematischen Einheit des transzendentalen Begründungsganzen selbst. Die erste und für seine künftige Arbeit entscheidende Erörterung der Systemidee entwickelte Cohen in seiner Schrift: „Das Prinzip der Infinitesimalmethode und seine Geschichte” (1883). Sie bezeichnete sich im Untertitel als „ein Kapitel zur Grundlegung der Erkenntniskritik”. Der Wandel des Ausdrucks „Kritik der Vernunft” zu „Erkenntniskritik” sollte eine prinzipielle Überzeugung Cohens zum Ausdruck bringen, die später seinen eigenen Systemaufbau beherrschte: Erkenntnis ist Wissenschaft und streng genommen mathematische Naturwissenschaft; dadurch daß der kritische Idealismus die „Tatsache der Wissenschaft” zum Objekt der transzendentalen Begründung macht, wird er selbst allererst „wissenschaftlich”. „In der Wissenschaft allein sind Dinge gegeben und für die philosophischen Fragen greifbar vorhanden.” „Das erkennende Bewußtsein … hat nur in der Tatsache der wissenschaftlichen Erkenntnis diejenige Wirklichkeit, auf welche eine philosophische Untersuchung sich beziehen kann.” Als Konsequenz dieser engsten Verklammerung der Transzendentalphilosophie mit dem Faktum der Wissenschaft ergab sich, auch die ethischen und ästhetischen Gegenstände primär als wissenschaftlich gewußte zum Problem zu machen. Cohen postulierte in der Tat als die für die Ethik vorgegebene Wissenschaft die Rechtswissenschaft, während er in der Ästhetik sich direkt an den Werken der Kunst orientierte und nicht, wie die Systemidee es forderte, an der Wissenschaft von den Werken. Die dergestalt orientierte Systematik der logischen, ethischen und ästhetischen Grundbegriffe erhielt ihre Ausarbeitung in dem dreiteiligen System Cohens (Logik der reinen Erkenntnis 1902; Ethik des reinen Wollens 1904; Ästhetik des reinen Gefühls 1912). Während Cohen das philosophische Problem der Religion bislang in das der Ethik auflöste, versuchte er in seiner Schrift „Der Begriff der Religion im System der Philosophie” (1915) das Phänomen der Religion in seiner Eigenbedeutung zu fassen.
Wenngleich Cohen außer seinen Werken zur Kantinterpretation keine größeren Arbeiten zur Geschichte der Philosophie veröffentlichte, so war doch seine systematische Arbeit von Anfang an durch eine ständige Auseinandersetzung mit den Vorsokratikern, Plato und Nicolaus Cusanus, Descartes und Leibniz genährt und geführt.